Data scientist (H/F)
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Le CHU de Limoges est lauréat de l'appel à projets « Accompagnement et soutien à la constitution d'Entrepôts de Données de Santé hospitaliers » (EdS-H) soutenu par France 2030. Le plan « France 2030 », doté de 54 milliards d'euros déployés sur 5 ans, vise à développer la compétitivité industrielle et les technologies d'avenir à l'horizon 2030. Cet entrepôt de données permettra aux chercheurs un accès aux données dans un cadre technique sécurisé.
Certains développements sont réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Poitiers dans une vision d'infrastructure régionalisée en Nouvelle-Aquitaine.
Dans le cadre du déploiement de son Entrepôt de Données de Santé (EDS), et de son intégration au sein du réseau européen Orchidée (*), le CHU Limoges recherche un datascientist pour assurer les missions suivantes :
Missions liées au réseau Orchidée :
- Participer au comité technique du projet Orchidée et assurer le recueil des variables nécessaires dans l'EDS du CHU Limoges
- Garantir la qualité et la pérennité de ses données selon les bonnes pratiques cliniques (BPC) de gestion de données (contrôle de cohérence, complétude.)
- Sur le plan informatique, développer et déployer les scripts de traitement de données permettant la remontée des indicateurs définis par le réseau Orchidée
- Participer à la gestion documentaire : procédures, guides techniques et documents qualité demandés par ce réseau comme par le CHU Limoges. Publication des codes sources développés.
- Générer et suivre des demandes de corrections et évolutions des indicateurs
Missions liées au déploiement de l'EdS :
L'EdS du CHU de Limoges a notamment pour finalité d'améliorer l'efficacité des vigilances pharmacologique et épidémiologiques au sein du CHU. Ainsi, la personne recrutée assurera également les missions plus générales suivantes :
- Définition des indicateurs de vigilance à intégrer dans l'EdS (profondeur historique.) avec les unités de vigilance du CHU
- Garantir la qualité, la fraîcheur et la pérennité des données nécessaires dans l'EdS
- Développement et/ou intégration des scripts statistiques de suivi et de remontée des indicateurs définis plus haut
- Le cas échéant, et selon les connaissances de la personne recrutée, collecter les données auprès des différentes sources, avec l'appui de l'équipe EdS
- Participer à la valorisation scientifique des résultats (articles, résumés, posters)
Connaissances obligatoires (Savoir) :
- Connaissance des logiciels de gestion de bases de données (PostGresQL, Oracle)
- Connaissance de logiciels de statistiques & de scripting (R, Python, bash, jupyter notebook.)
- Connaissance d'outils de gestion de versions de code (Git) et de langages d'interrogation de bases de données (SQL.)
- Anglais écrit médical
Connaissances optionnelles (Savoir) :
- Logiciels de gestion de données (ex : RedCap, Ennov Clinical.)
- Réglementation en matière de recherche clinique et de la terminologie médicale
- Réglementation sur les données personnelles et/ou sensibles (RGPD)
- Environnement Linux (Debian)
- Logiciels de développement et de séquencement d'ETL (Airflow, Nifi et/ou Talend et/ou Pentaho)
Expériences professionnelles (Savoir-faire) :
Première expérience appréciée dans le domaine médical et/ou le développement logiciel en modélisation statistique
Certains développements sont réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Poitiers dans une vision d'infrastructure régionalisée en Nouvelle-Aquitaine.
Dans le cadre du déploiement de son Entrepôt de Données de Santé (EDS), et de son intégration au sein du réseau européen Orchidée (*), le CHU Limoges recherche un datascientist pour assurer les missions suivantes :
Missions liées au réseau Orchidée :
- Participer au comité technique du projet Orchidée et assurer le recueil des variables nécessaires dans l'EDS du CHU Limoges
- Garantir la qualité et la pérennité de ses données selon les bonnes pratiques cliniques (BPC) de gestion de données (contrôle de cohérence, complétude.)
- Sur le plan informatique, développer et déployer les scripts de traitement de données permettant la remontée des indicateurs définis par le réseau Orchidée
- Participer à la gestion documentaire : procédures, guides techniques et documents qualité demandés par ce réseau comme par le CHU Limoges. Publication des codes sources développés.
- Générer et suivre des demandes de corrections et évolutions des indicateurs
Missions liées au déploiement de l'EdS :
L'EdS du CHU de Limoges a notamment pour finalité d'améliorer l'efficacité des vigilances pharmacologique et épidémiologiques au sein du CHU. Ainsi, la personne recrutée assurera également les missions plus générales suivantes :
- Définition des indicateurs de vigilance à intégrer dans l'EdS (profondeur historique.) avec les unités de vigilance du CHU
- Garantir la qualité, la fraîcheur et la pérennité des données nécessaires dans l'EdS
- Développement et/ou intégration des scripts statistiques de suivi et de remontée des indicateurs définis plus haut
- Le cas échéant, et selon les connaissances de la personne recrutée, collecter les données auprès des différentes sources, avec l'appui de l'équipe EdS
- Participer à la valorisation scientifique des résultats (articles, résumés, posters)
Connaissances obligatoires (Savoir) :
- Connaissance des logiciels de gestion de bases de données (PostGresQL, Oracle)
- Connaissance de logiciels de statistiques & de scripting (R, Python, bash, jupyter notebook.)
- Connaissance d'outils de gestion de versions de code (Git) et de langages d'interrogation de bases de données (SQL.)
- Anglais écrit médical
Connaissances optionnelles (Savoir) :
- Logiciels de gestion de données (ex : RedCap, Ennov Clinical.)
- Réglementation en matière de recherche clinique et de la terminologie médicale
- Réglementation sur les données personnelles et/ou sensibles (RGPD)
- Environnement Linux (Debian)
- Logiciels de développement et de séquencement d'ETL (Airflow, Nifi et/ou Talend et/ou Pentaho)
Expériences professionnelles (Savoir-faire) :
Première expérience appréciée dans le domaine médical et/ou le développement logiciel en modélisation statistique